Trzeci tydzień to bardzo ważny moment. Powstała po połączeniu materiału genetycznego plemnika i komórki jajowej zygota zaczyna się mnożyć. Powstają najpierw dwie, potem cztery komórki, następnie osiem komórek, a po około 3 dniach mamy już szesnaście komórek… Mówimy wtedy o moruli. Na tym etapie podziałów komórkowych dochodzić może do tzw. fragmentacji, wskutek której powstać może, np. ciąża bliźniacza. Zależnie od tego, na którym etapie dojdzie do podziału (zwykle między 5 a 9 dniem po zapłodnieniu), powstać mogą ciąże bliźniacze różnego rodzaju – jednokosmówkowe dwuowodniowe, jednokosmówkowe jednoowodniowe. Są to zawsze tzw. bliźnięta jednojajowe, gdyż powstały z pojedynczej komórki. W przeciwieństwie do bliźniąt dwujajowych, które powstają wskutek uwolnienia dwóch komórek jajowych podczas owulacji. Przez cały ten czas blastocysta (bo tak się teraz nazywa zbiór szybko dzielących się komórek) przesuwa się w jajowodzie, by po około 5 dniach znaleźć się w macicy.
W tym czasie błona śluzowa macicy dalej rośnie, dojrzewa. Przechodzi w tzw. fazę wydzielniczą i jest gotowa na przyjęcie blastocysty, która liczy około 0,10 mm średnicy.
Po kolejnych dwóch dniach dochodzi do zagnieżdżenia się blastocysty, czyli do implantacji. Niekiedy u kobiet w tym czasie występuje plamienie lub niewielkie krwawienie. Kobiety nieświadome jeszcze ciąży nierzadko mylą je ze skąpą miesiączką. Stąd czasami mamy do czynienia z dużą niezgodnością między wiekiem ciążowym obliczanym według daty ostatniej miesiączki podawanej przez pacjentkę a tym, co widzimy w badaniu USG. Jeśli różnica wynosi około 4 tygodni, wówczas mamy niemal pewność, że „ostatnia miesiączka” była krwawieniem implantacyjnym.
Trzeci tydzień jest zaliczany do okresu o wysokim ryzyku poronienia.